Sau khi bị kỉ luật và cách mọi chức vụ trong hệ thống chính quyền ông Nguyễn Hà Phan chuyển về định cư tại Thành phố Cần Thơ và không tham gia bất cứ hoạt động cộng đồng nào tại địa phương.

Qua đời

Rạng sáng ngày 1 tháng 8 năm 2019 ông Nguyễn Hà Phan qua đời tại số 14 Nguyễn Trãi, phường An Hội, quận Ninh Kiều, Tp. Cần Thơ và được an táng tại địa phương. Báo chí và truyền thông chính thống của Việt Nam không đề cập đến sự ra đi của ông. Trường hợp này khác với trường hợp một nguyên Ủy viên Bộ Chính trị đã từng nắm giữ nhiều chức vụ quan trọng trong hệ thống chính quyền trước khi bị kỉ luật khác là ông Trần Xuân Bách, khi mà năm 2006 ông Bách qua đời và vẫn được an táng tại Nghĩa trang Mai Dịch, nơi an táng các lãnh đạo cấp cao, nhân sĩ, trí thức có công với Đảng và Nhà nước.Cũng có giả thuyết cho rằng việc không tổ chức tang lễ long trọng và phát tán đưa tin là do ý nguyện cá nhân của ông Phan khi còn sống.